Le choléra : c'est la bactérie la plus connue, responsable de nombreuses épidémies mortelles en Europe au XIXe siècle. Le choléra est très sensible à la désinfection.

La salmonelle, responsable de la typhoïde, première cause de mortalité d'origine hydrique jusqu'à la seconde guerre mondiale. La bactérie est très sensible à la désinfection.

L'Escherichra coli, ou E-coli, bactérie de l'intestin, surtout dans le bétail, indicateur de contamination fécale. L'E-coli n'est pas directement toxique, elle a même a son utilité dans l'intestin, en supprimant des bactéries nuisibles, mais elle crée une toxine, la vérotoxine, qui entraîne des diarrhées et de hémorragies., tout comme la campylobacterie, surtout présente dans les intestins et par conséquent les fientes des oiseaux.

Les pseudomonas, très fréquentes dans les eaux usées et les eaux pluviales. La bactérie est très résistante aux antibiotiques. Elle entraîne des diarrhées.

Les aéromonas, naturellement présentes dans l'eau claire, se développent dans les eaux usées et chaudes.

Les légionnelles (légionelles) : on compte 42 espèces de légionelles dont une, la légionelle pneumophila, responsable de la maladie du légionnaire. Elle est peu sensible à la chaleur.

La maladie est liée à l'inhalation de microgouttelettes (sous la douche par exemple). Pour se développer les légionnelles ont besoin de fer ou charbon avec un PH compris entre 5,5 et 6,9 sauf si présence de biofilm dans lequel elles peuvent se protéger.

La transmission à l’homme se fait par l’intermédiaire d’aérosols générés à partir de sources artificielles d’eau (chaude) construites par l’homme :

-air conditionné et climatiseurs, 

-tours de refroidissement (aéro-refroidissantes), 

-robinets et douches, 

-eaux de piscine, 

-bras ou espace "mort" hydraulique

-réseaux de distribution d’eau potable et à usage sanitaire

-chauffe-eau

-centrales d’humidification

-fontaines réfrigérantes et fontaines décoratives

-jets d'eau

-bains à remous et jacuzzi

-équipement pour nébuliseur

-brumiseur de jardin ou de magasin

-eaux d’arrosage, eaux usées et eaux d’effluents

Ce sont des parasites dits « opportunistes », car ils se développent sur un hôte. Les plus connus sont les gardia et le cryptosporidium, découvert en 1955, à l'origine de l'épidémie du Milwaukee, en 1993. Ces parasites sont rejetés par les animaux et les hommes. 

Le cryptosporidium est résistant aux désinfectants. La dose infectieuse n'est pas connue avec précision mais pourrait démarrer avec un seul microorganisme.

Parmi les virus présents dans l'eau, on compte le virus de l'hépatite A, le virus de l'hépatite E, plutôt confiné dans les milieux tropicaux, le virus commun des gastroentérites, qui comprennent plusieurs familles (virus de Norwich, de Sapporo, etc.). On compterait plus de 140 virus identifiés, dont la plupart se retrouveraient dans les selles. Le seuil de déclenchement des maladies est encore ignoré mais paraît très bas. Leur résistance aux traitements de désinfection est variable.

• La température de l’eau (30°-55°C) 

• La présence de dépôts organiques (biofilms), algues, la présence d’amibes.

• La stagnation de l’eau (ballon d’eau chaude, boucles, circuits fermés et espaces morts).